Pemilihan Primer RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) Pada PCR (Polymerase Chain Reaction) Tanaman Kamboja (Plumeria sp.)

Di Bali, ditemukan banyak kultivar kamboja (Plumeria sp.), dan identitasnya perlu dilihat secara molekuler untuk menentukan calon tetua dalam persilangan. Ekstraksi DNA dan pemilihan primer merupakan suatu hal mendasar yang harus dilakukan dalam studi molekular, terutama dalam identifikasi dan penentuan keragaman genetik. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan primer RAPD yang menghasilkan produk PCR yang jelas dan dapat digunakan untuk analisis lebih lanjut pada kamboja. Metode ekstraksi DNA yang digunakan adalah metode CTAB yang telah dimodifikasi. Sumber material adalah daun muda kultivar kamboja yang dikeringkan dengan silika gel. Primer yang digunakan berasal dari University of British Columbia dan Operon Primer Technology. Hasil ekstraksi DNA dari bahan kering setelah purifikasi menggunakan NucleoSpin® Gel dan PCR Clean Up Kit memiliki konsentrasi 33-267 ng/µl. Tiga dari tujuh primer yang dicoba yaitu UBC127, UBC-250, dan OPH-06 dapat mengamplifikasi fragmen DNA kamboja dan menghasilkan produk yang dapat diskor untuk analisis lebih lanjut.