PENGARUH PENAMBAHAN SUSU SKIM TERHADAP HASIL DNA METAGENOMIK DIISOLASI DARI TANAH HUTAN MANGROVE

Lisis sel merupakan tahapan yang amat krusial bagi kualitas maupun kuantitas DNA metagenomik yang diisolasi dari lingkungan. Tujuan penelitian ini adalah untuk membandingkan kualitas (keutuhan dan kemurnian) DNA metagenomik hasil isolasi dengan menggunakan metode lisis sel secara langsung dari tanah hutan mangrove dengan dan tanpa penambahan susu skim pada bufer lisis. Hasil isolasi DNA total dianalisis secara spektrofotometri UV-Vis pada ? 230, 260, dan 280 nm; dan dengan elektroforesis gel agarosa. Hasil elektroforesis menunjukkan bahwa dengan penambahan susu skim pada bufer lisis diperoleh intensitas pita DNA yang lebih tinggi (tajam) yang menunjukkan bahwa DNA total yang diperoleh relatif lebih utuh atau sedikit terfragmentasi dibandingkan hasil tanpa penambahan susu skim. Hasil analisis dengan spektrofotometri UV-Vis menunjukkan DNA yang diisolasi dengan dan tanpa penambahan susu skim tingkat kemurniannya tidak berbeda nyata terhadap asam humat (rasio A260/230). Untuk tingkat kemurnian DNA terhadap protein dilihat dari rasio A260/280, menunjukkan bahwa DNA hasil isolasi tanpa penambahan susu skim memiliki tingkat kemurnian yang lebih tinggi dibandingkan hasil isolasi dengan penambahan susu skim.