PEMANFAATAN SILIKAT BENTONIT TERSUSPENSI NaCl, MgCl2, DAN CaCl2 UNTUK ISOLASI DNA METAGENOMIK DARI TANAH HUTAN MANGROVE

Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan hasil isolasi DNA metagenomik dari tanah hutan mangrove Pantai Suwung Kauh Bali dengan menggunakan silikat bentonit tersuspensi NaCl, MgCl2 dan CaCl2. Isolasi DNA metagenomik dilakukan dengan metode lisis sel secara langsung dari tanah dengan menggunakan buffer lisis dan dengan kejutan-pemanasan, serta dilanjutkan dengan ekstraksi DNA dengan silikat bentonit tersuspensi NaCl, MgCl2 dan CaCl2. Preparasi suspensi silikat bentonit dilakukan dalam larutan 1 M NaCl, MgCl2 dan CaCl2. Hasil isolasi DNA metagenomik dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa dan spektrofotometer nano pada panjang gelombang 230, 260, dan 280 nm. Hasil analisis dengan elektroforesis gel agarosa menunjukkan bahwa DNA tidak terdeteksi pada elusi pertama dari semua suspensi, namun DNA hanya terdeteksi pada supernatan pertama sebelum elusi dari suspensi Na-bentonit dan Mg-bentonit. Pita DNA paling tebal diperoleh pada supernatan pertama dari suspensi Nabentonit. Hasil ini mengindikasikan bahwa kemampuan adsorpsi Na-bentonit terhadap DNA metagenomik lebih rendah daripada suspensi lainnya. Pita DNA tidak terdeteksi pada supernatan pertama dan hasil elusi pertama dari suspensi Ca-bentonit yang mengindikasikan bahwa DNA teradsorpsi lebih kuat daripada yang lain dan belum dapat terlepas dari suspensi ini pada elusi pertama. Hasil spektrofotometer nano menunjukkan bahwa DNA metagenomik yang diisolasi dengan menggunakan silikat bentonit tersuspensi NaCl, MgCl2 dan CaCl2 masih terkontaminasi asam humat dan protein.