OPTIMASI PROSES PCR FRAGMEN 724 pb GEN katG MULTI DRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS UNTUK MENINGKATKAN PRODUK AMPLIFIKASI

Deteksi adanya mutasi pada gen katG MDR TB (Multi Drug Resistance Tuberculosis)) yang bertanggung jawab terhadap resistensi Isoniazid (INH) dapat dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dan dilanjutkan dengan sekuensing. Dalam penelitian ini, metode PCR dilakukan untuk mengamplifikasi fragmen berukuran 724 pb gen katG. Pada percobaan pendahuluan, proses PCR telah berhasil mengamplifikasi fragmen berukuran 724 bp, namun masih menghasilkan pita yang sangat tipis yang menunjukkan bahwa proses amplifikasi belum optimal. Oleh sebab itu, penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi proses PCR agar mampu meningkatkan produk amplifikasi sehingga diperoleh pita yang tebal sehingga cukup memadai untuk digunakan sebagai templat dalam proses sekuensing. Tahap optimasi yang dilakukan dalam proses PCR meliputi penambahan jumlah DNA templat pada formulasi PCR, variasi suhu annealing, penambahan waktu annealing dan waktu ekstensi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa proses optimasi melalui penambahan jumlah DNA templat menjadi 1 µL, suhu annealing 56ºC, waktu annealing 1 menit 20 detik, dan waktu ekstensi 2 menit mampu memberikan amplifikasi terbaik karena menghasilkan produk spesifik berupa pita yang tebal sesuai ukuran yang diharapkan (724 pb) dan tidak terjadi mispriming.