DESAIN PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI GEN katG MULTIDRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS (MDR-TB) DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Tuberkulosis, penyakit utama di dunia, merupakan salah satu penyakit infeksi yang mewabah. Permasalahan makin rumit dan diperberat dengan adanya strain Mycobacterium tuberculosis yang resisten terhadap obat anti tuberkulosis (OAT), seperti isoniazid (INH). Mutasi pada gen katG adalah mekanisme utama penyebab resistensi INH pada sebagian besar strain. Amplifikasi DNA pada gen katG Mycobacterium tuberculosis dilakukan dengan metode PCR untuk mendeteksi adanya mutasi. Sepasang primer yang spesifik (forward dan reverse) merupakan faktor terpenting untuk membatasi daerah target yang akan diamplifikasi. Pendesainan primer dilakukan untuk menghasilkan primer spesifik yang diinginkan. Penelitian ini bertujuan mendesain primer spesifik untuk mengamplifikasi fragmen target pada gen katG. Desain primer secara in silico menggunakan Clone Manager Suite 6. Sekuen DNA yang digunakan sebagai templat dalam penelitian desain primer ini diunduh dari situs www.ncbi.nlm.nih.gov. Gen katG M. tuberculosis H37Rv dengan kode genbank : X68081.1 yang dipilih sebagai templat. Studi ini berhasil mendesain primer forward (5' GAAGTACGGCAAGAAGCTCTC 3') dan reverse (5' CGTGATCCGCTCATAGATCG 3') dengan panjang primer masing-masing 21 dan 20 nukleotida. Sepasang primer ini telah memenuhi persyaratan primer yang baik yaitu panjang primer, nilai Tm, persentase kandungan GC, tanpa hairpins, keterbatasan adanya dimers dan runs. Kesimpulan penelitian ini telah memperlihatkan bahwa primer yang telah berhasil didesain secara in silico, dengan tepat mampu mengamplifikasi fragmen gen katG sebesar 724 pb.